Η Ελένη Μάργαρη γεννήθηκε στα Ιωάννινα. Είναι πτυχιούχος (1998) του τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (κατεύθυνση Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης), όπου πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στην Ιστορία της Νεώτερης Τέχνης (2002) και εκπόνησε διδακτορική διατριβή με θέμα «Η γυναίκα στην ελληνική γλυπτική του 20ού αιώνα. Συμβολισμοί και πραγματικότητες» (2009).

Εργάζεται ως ιστορικός της τέχνης στο Υπουργείο Πολιτισμού (Διεύθυνση Νεότερης Πολιτιστικής Κληρονομιάς) στην προετοιμασία και υλοποίηση μόνιμων και περιοδικών εκθέσεων σε μουσεία. Έχει εργαστεί, επίσης, ως ιστορικός τέχνης στο Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο. Δίδαξε ιστορία της τέχνης στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (Φιλοσοφική Σχολή -Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας, Σχολή Πλαστικών Τεχνών και Επιστημών της Τέχνης) και στο πρώην Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Πάτρας. Έχει δημοσιεύσει επιστημονικές μελέτες με θέμα τη νεώτερη γλυπτική, άρθρα σχετικά με την ιστορία της τέχνης στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο, καθώς και κείμενα σε καταλόγους εκθέσεων πολλών σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών.

Από τον εκδοτικό οίκο Historical Quest δημοσιεύτηκαν και κυκλοφορούν τα βιβλία της «32 Ιστορίες Ζωγραφικής: Από την Αναγέννηση ως τον Εξπρεσιονισμό» (Δεκέμβριος 2014), «Άλλες 32 Ιστορίες Ζωγραφικής: Από την Αναγέννηση ως την Ποπ Αρτ» (Ιούλιος 2017), «Χριστουγεννιάτικες Ιστορίες Ζωγραφικής» (Δεκέμβριος 2018) και «Τα μυστικά των εικόνων: η θάλασσα, η γυναίκα και τα μουσεία στη ζωγραφική - Τόμος Α΄» (Σεπτέμβριος 2021).