Η Ελένη Μάργαρη γεννήθηκε στα Ιωάννινα. Είναι πτυχιούχος (1998) του τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (κατεύθυνση Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης), όπου πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στην Ιστορία της Νεώτερης Τέχνης (2002) και εκπόνησε διδακτορική διατριβή με θέμα «Η γυναίκα στην ελληνική γλυπτική του 20ού αιώνα. Συμβολισμοί και πραγματικότητες» (2009).
Από το 2003 και εξής εργάζεται ως ιστορικός της τέχνης στο Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο Αθηνών, όπου επιμελείται περιοδικές εκθέσεις και συμμετέχει στον σχεδιασμό και την υλοποίηση εκπαιδευτικών προγραμμάτων για μαθητές και ειδικές ομάδες ενηλίκων. Παράλληλα, δίδαξε ιστορία της τέχνης στο τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων ως εντεταλμένη διδάσκουσα με το ΠΔ 407/1980 (χειμερινό εξάμηνο ακαδημαϊκού έτους 2009-2010) και στο ΤΕΙ Πάτρας-Παράρτημα Πύργου, στο τμήμα Μουσειολογίας, Μουσειογραφίας και Σχεδιασμού Εκθέσεων (χειμερινό εξάμηνο ακαδημαϊκού έτους 2010-2011). Σήμερα διδάσκει Ιστορία της Τέχνης στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων.
Έχει δημοσιεύσει επιστημονικές μελέτες με θέμα τη νεώτερη γλυπτική, άρθρα σχετικά με την ιστορία της τέχνης στον ημερήσιο και περιοδικό Τύπο, καθώς και κείμενα σε καταλόγους εκθέσεων πολλών σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών. Τον Δεκέμβριο του 2014 δημοσιεύτηκε το βιβλίο της «32 Ιστορίες Ζωγραφικής: Από την Αναγέννηση ως τον Εξπρεσιονισμό» από τον εκδοτικό οίκο «Historical Quest». Τον Ιούλιο του 2017 δημοσιεύτηκε ο δεύτερος τόμος της σειράς με τίτλο «Άλλες 32 Ιστορίες Ζωγραφικής: Από την Αναγέννηση ως την Ποπ Αρτ», επίσης από τον εκδοτικό οίκο «Historical Quest».