Η Υψηλή Πύλη θεώρησε ότι ο Οργανικός Νόμος ήταν μία χειρονομία καλής θελήσεως προς τον χριστιανικό πληθυσμό της Κρήτης. Εν τούτοις, ο Οργανικός Νόμος ήταν μια παγίδα για τους Κρήτες. Το χριστιανικό στοιχείο στην Γενική Συνέλευση δεν αντιπροσωπευόταν αναλογικά με τους πληθυσμιακούς του αριθμούς. Έτσι, με αυτόν τον τρόπο καμιά από τις προτάσεις των χριστιανών δεν ήταν δυνατόν να εγκριθεί. Στην πραγματικότητα ο Οργανικός Νόμος δεν εφαρμόστηκε ποτέ σε όλες του τις διατάξεις. Οι συνεχόμενες παραβιάσεις του έκαναν τους Κρήτες να διαμαρτύρονται, αλλά οι τουρκικές αρχές φυλάκιζαν τους αντιτιθέμενους στο Νόμο.
Η κατάσταση στο νησί τα έτη 1869-1874 ήταν τραγική. Ο πληθυσμός είχε ελαττωθεί σε τραγικά επίπεδα από τις σφαγές και τους εκπατρισμούς, τα χωριά είχαν ερημώσει και οι γεωργικοί κλήροι έμεναν ακαλλιέργητοι. Ουσιαστικά η Κρήτη έπρεπε να αναγεννηθεί από τις στάχτες της. Το διάστημα 1869-1878 η Τουρκία έστελνε στο νησί ως Γενικούς Διοικητές, στρατιωτικούς που ήταν εντελώς αντίθετοι σε κάθε μεταρρύθμιση. Γενικά, η τουρκική διοίκηση αυτών των ετών χαρακτηριζόταν από φαυλότητα και σφοδρό αντιχριστιανικό μένος.
Τα πολιτικά και στρατιωτικά τεκταινόμενα στην Ευρώπη είχαν αντίκτυπο και στην Κρήτη. Ο πόλεμος μεταξύ Γαλλίας και Πρωσίας του 1870 έκανε την Τουρκία να εντείνει τα μέτρα επιτήρησης στο νησί. Τα πράγματα στην Κρήτη επηρεάστηκαν περισσότερο από την επανάσταση της Βοσνίας και Ερζεγοβίνης που ξέσπασε το 1875. Αμέσως υπήρξε επαναστατικός αναβρασμός και παρατηρήθηκαν κινητοποιήσεις στο νησί. Ο αρχιμανδρίτης από τα Σφακιά Παρθένιος Κελαϊδής βολιδοσκοπούσε από την Τεργέστη τους εξόριστους Κρητικούς αρχηγούς για τη δυνατότητα να εκραγεί στην Κρήτη μια νέα επανάσταση. Ήδη στην Κρήτη είχαν ιδρυθεί επαναστατικά κομιτάτα. Οι περισσότεροι Κρητικοί απέρριπταν την ιδέα μιας νέας επανάστασης, ενώ άλλοι προωθούσαν το σχέδιο να καταστεί η Κρήτη αγγλικό προτεκτοράτο. Την άποψη αυτή υποστήριζε η αγγλόφιλη μερίδα στο νησί και οι Σφακιανοί οπλαρχηγοί. Η ιδέα όμως αυτή δεν ήταν αποδεκτή από τον λαό, αφού άλλωστε και η Αγγλία δεν είχε εκδηλώσει φανερά την πρόθεσή της αυτή. Γύρω στο 1876 κάποιοι Κρήτες υποστήριζαν την ιδέα να ανακηρυχθεί η Κρήτη αυτόνομη Ηγεμονία. Υπέδειξαν ως ηγεμόνα τον Γρηγόριο Υψηλάντη, πρέσβη της Ελλάδος στη Βιέννη, ο οποίος όμως δεν αποδέχθηκε την πρόταση.
Το 1876 η Γενική Συνέλευση των Κρητών ζήτησε με υπόμνημά της την κατοχύρωση του Οργανικού Νόμου με σουλτανικό φιρμάνι, αφού θα τροποποιείτο στις βασικές του διατάξεις. Η Υψηλή Πύλη δεν δέχθηκε να συζητήσει τίποτε από όλα αυτά. Στις αρχές του 1877 η εσωτερική κατάσταση στην Κρήτη ταράχθηκε, όταν ψηφίστηκε το τουρκικό σύνταγμα του Μιδάτ. Οι Κρήτες υπέβαλαν υπόμνημα στον Γενικό Διοικητή Σαμίχ πασά και του ζήτησαν να εξαιρεθεί η Κρήτη από το τουρκικό σύνταγμα και να θεωρηθεί επαρχία αυτοδιοικούμενη, όπως αναγνωριζόταν από τον Οργανικό Νόμο. Ο Σαμίχ πασάς διέλυσε τη Γενική Συνέλευση και οι χριστιανοί αντιπρόσωποι κατέφυγαν στον Αποκόρωνα. Έτσι μια νέα επανάσταση ήταν προ των πυλών.
Τον Ιούλιο του 1877 εξελέγη 24μελής Επιτροπή στις δυτικές επαρχίες με αντικείμενο τη διαχείριση του Κρητικού Ζητήματος. Στην Αθήνα ιδρύθηκε το «Κρητικὸν Κέντρον» και άρχισε αμέσως η συγκέντρωση όπλων και εφοδίων για την Κρήτη. Είχαν ήδη δημιουργηθεί τρία επαναστατικά κομιτάτα, ένα στο Βάμο, ένα στα Χανιά και ένα στο Ρέθυμνο. Τον Αύγουστο του 1877 το επαναστατικό κομιτάτο Χανίων εξέλεξε μία Μεταπολιτευτική Επιτροπή, που είχε έδρα την Κράπη. Αργότερα, οι αντιπρόσωποι των κομιτάτων συγκάλεσαν παγκρήτια επαναστατική συνέλευση στο χωριό Φρε του Αποκορώνου για να εκλεγεί Προεδρείο.
Ο Χαρίλαος Τρικούπης, ως υπουργός Εξωτερικών στην Οικουμενική Κυβέρνηση Κουμουνδούρου, δήλωσε την 27η Δεκεμβρίου 1877 ότι η Ελλάδα θα υποστηρίξει ενεργώς την κρητική επανάσταση, ενώ οι εξόριστοι Κρήτες οπλαρχηγοί άρχισαν να κατεβαίνουν στην Κρήτη. Τον Ιανουάριο του 1878 συγκροτήθηκε στο Φρε η «Παγκρήτιος Ἐπαναστατικὴ Συνέλευσις», με πλήθος αντιπροσώπων.
Η Οθωμανική Αυτοκρατορία ευρισκομένη σε πόλεμο με τη Ρωσία εκείνη την περίοδο δεν μπορούσε να αποστείλει στρατιωτικές δυνάμεις στην Κρήτη. Έτσι, λοιπόν, με παρότρυνση της Αγγλίας, υιοθέτησε την πολιτική του συμβιβασμού και της διαπραγμάτευσης. Ο Κωστής Αδοσίδης πασάς και ο Σελήμ εφέντης επωμίσθηκαν το έργο των συνομιλιών με τους Κρήτες και παραλλήλως να προτείνουν νέες παραχωρήσεις επί του Οργανικού Νόμου. Ο Ρεθύμνιος Ι. Τσουδερός συνέταξε την απάντηση, που περιλάμβανε τους εξής όρους: 1. Να κηρυχθεί η Κρήτη αυτόνομη ηγεμονία, φόρου υποτελής στον σουλτάνο, 2. Ο διοικητής να είναι χριστιανός και να εκλέγεται με την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων. Ο Αδοσίδης πασάς ζήτησε διορία δέκα ημερών, ώστε να διαβιβάσει τα αιτήματα των Κρητών στην Κωνσταντινούπολη. Όμως δεν ήρθε καμία απάντηση από την Υψηλή Πύλη.
Αυτό ήταν και η αφορμή για να ξεσπάσει η επανάσταση. Οι Τούρκοι, για να προστατευθούν, εγκατέλειψαν την ύπαιθρο και κλείστηκαν στα μεγάλα φρούρια της νήσου. Ως τα τέλη Μαρτίου 1878 όλη η Κρήτη ελεγχόταν από τους επαναστάτες, εκτός από τα φρούρια της νήσου, που δεν ήταν εφικτό να κυριευθούν χωρίς την χρήση βαρέος πεδινού πυροβολικού.
Τον Ιούλιο του 1878 οι πρόξενοι των Μεγάλων Δυνάμεων στην Κρήτη επέβαλαν ανακωχή με την υπόσχεση ότι το Κρητικό Ζήτημα θα απασχολούσε το Συνέδριο του Βερολίνου που θα εργαζόταν για την αναθεώρηση της Συνθήκης του Αγίου Στεφάνου του Φεβρουαρίου του 1878. Η Γενική Συνέλευση των Κρητών αποφάσισε να στείλει δύο αντιπροσώπους της στο Συνέδριο του Βερολίνου, τον Κωσταρό Βολουδάκη και τον Ιωάννη Σφακιανάκη. Η ελληνική κυβέρνηση, αντιδρώντας μυωπικά, ματαίωσε τη μετάβασή τους στο Βερολίνο, γιατί έτρεφε υποψίες ότι θα προωθούσαν τη λύση της αυτόνομης ηγεμονίας και όχι το αίτημα για ένωση με την Ελλάδα. Οι Κρήτες αντιπρόσωποι μετέβαιναν στο Βερολίνο με σκοπό να επιτύχουν με οποιοδήποτε τρόπο την απόσειση του τουρκικού ζυγού, έστω και αν προκρινόταν προς το παρόν η λύση της αυτόνομης ηγεμονίας. Δεδομένης της αρνητικής στάσης της ευρωπαϊκής διπλωματίας έναντι του αιτήματος για ένωση με την Ελλάδα, έπρεπε οι Έλληνες πολιτικοί να φανούν ανώτεροι των περιστάσεων και να αντιληφθούν την κρισιμότητα των στιγμών για την ελευθερία του νησιού.
Οι Μεγάλες Δυνάμεις στο Συνέδριο του Βερολίνου αποφάσισαν και επέβαλαν στην Τουρκία την εφαρμογή του Οργανικού Νόμου, αφού γίνουν οι αναγκαίες τροποποιήσεις. Έτσι, οι Κρητικοί αποφάσισαν να συνεχίσουν τον ένοπλο αγώνα τους. Η Τουρκία ικανοποιημένη που η λύση της ένωσης αποκλείστηκε για τους Κρήτες, δέχθηκε να προβεί σε παραχωρήσεις προνομίων για το χριστιανικό πληθυσμιακό στοιχείο της Κρήτης. Ο γαζή Αχμέτ Μουχτάρ πασάς και ο Σελήμ εφέντης κατέφθασαν στην Κρήτη ως νέοι διαπραγματευτές, ενώ ο Γενικός Διοικητής, Κωστής Αδοσίδης πασάς, και ο Άγγλος πρόξενος στα Χανιά Sandwith έπειθαν τη Γενική Συνέλευση των Κρητών να υποδείξει αντιπροσώπους για να ξεκινήσουν συνομιλίες.
Το αποτέλεσμα ήταν ότι τον Οκτώβριο του 1878 υπογράφθηκε η Σύμβαση της Χαλέπας, στο ομώνυμο προάστιο των Χανίων, η οποία επικυρώθηκε αμέσως με σουλτανικό φιρμάνι και αποτέλεσε το νέο πολιτικό Οργανισμό της Κρήτης. Οι κυριότερες διατάξεις ήταν:
1. Ο Γενικός Διοικητής της Κρήτης δύναται να είναι χριστιανός. Η θητεία του ορίστηκε να είναι πέντε χρόνια, με δυνατότητα ανανέωσης.
2. Ο Γενικός Διοικητής έχει ένα σύμβουλο από το αντίθετο θρήσκευμα.
3. Η Γενική Συνέλευση έχει 80 μέλη, 49 χριστιανούς και 31 μουσουλμάνους.
4. Ιδρύθηκε η Κρητική Χωροφυλακή.
5. Αναγνωρίσθηκε η ελληνική ως επίσημη γλώσσα των δικαστηρίων και της Γενικής Συνέλευσης. Μόνο τα επίσημα πρακτικά συντάσσονταν και στις δύο γλώσσες.
6. Χορήγηση γενικής αμνηστίας.
7. Προσωρινή απαλλαγή από κάποιους φόρους.
8. Επιτράπηκε η ίδρυση φιλολογικών συλλόγων και η έκδοση εφημερίδων.
Ο Χάρτης της Χαλέπας ήταν ένα πολύ σημαντικό βήμα για τη λύση του Κρητικού Ζητήματος, αφού έτσι δημιουργήθηκε ένα καθεστώς ημιαυτόνομης επαρχίας με ιδιαίτερα προνόμια. Ο Αλέξανδρος Καραθεοδωρής ήταν ο πρώτος διοικητής, ο οποίος άσκησε την εξουσία του για λίγους μήνες. Τον διαδέχθηκε ο Ιωάννης Φωτιάδης, ένας άνθρωπος μορφωμένος, με ευρεία διοικητική πείρα. Διοίκησε την Κρήτη ως το 1885, με δικαιοσύνη και φρόνηση. Υποστήριξε την παιδεία και προώθησε λύσεις για σημαντικά προβλήματα.
